これは、虚空島戦役から３年後の物語です。
　ある日、パーセライトの南に謎の塔が出現します。
　その塔は『子供』にしか見えず大人達は子供の戯言と思い、その存在を無視していました。

　しかし、ラルフが『塔の住人』に連れ去られるという事態が発生し、大人達も悠長な事を言っていられなくなりました。
　ところが『塔』は大人の目には映りません。
　勇敢な子供しかこの事態を打破出来ないのです。

この物語の主役は３人。
　アレク王子・ミルカ・ラミティ
　そして彼らを助けてくれるのがエストポリス伝記2よりデータを継承した７体のカプセルモンスター達。
　３人はこの事件を解決し、ラルフを救い出す事が出来るでしょうか？

●前作のデータの継承が可能
前作エストポリス伝記２のセーブデータからカプセルモンスターデータを継承する事ができます。前作であなたが手塩にかけて育てたカプセルモンスターと一緒に冒険を！もちろん本作から新たに育てる事も可能です。

●グラフィックが華麗に！
前作エストポリス伝記２では後ろ向き１カットしかなかったカプセルモンスターのグラフィックですが、本作では、グラフィックが大幅にグレートアップ！正面から見た姿ははもちろん戦闘中の愛らしい動きから食事中の姿までも美麗なフルポリゴンアニメーションで再現されます。

●豪華な声優陣
カプセルモンスターは「そんなの食べたくないのに…」から戦闘中のかけ声までなんとフルボイス！しかも声優陣は、大谷育江（「ポケットモンスター」ピカチュウ）、犬山犬子（「ポケットモンスター」ニャース、「みどりのマキバオー」マキバオー）、西原久美子（「ＬＵＮＡＲ」ルビィ）、林原めぐみ（「新世紀エヴァンゲリオン」初号機）などなど有名動物声優陣が勢揃い！

●あなたもカプセルモンスターブリーダー！
本作のお楽しみが、カプセルモンスター同士を掛け合わせて新種のカプセルモンスターを作れるブリーダーシステムです。作り出したカプセルモンスターは、食べさせるものによっても能力が少しずつ変化していきます。あなただけのオリジナルの最強のカプセルモンスターを作って、友達と対戦させよう。

●ラブラブイベントも充実
ラルフ、ラミティ、アレク王子、ミルカ、誰と誰をカップリングするかはあなた次第。随所にちりばめられたラブラブイベントをクリアする事によって親密度を上げていくと、ＥＤ時にラブラブエンディングを見る事ができます。